• Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees or, simply put, BEAST, is an application designed for analyzing molecular sequences.

    A more scientific description for its purpose would be that it provides the means to reconstruct phylogenies and also works as platform for evolutionary hypothesis testing with no conditioning on a single tree topology.

    It is based on Java, a dependency that is not automatically downloaded during the installation procedure of the program. If Java is not present on the system the product does not launch.

    When starting, BEAST requires some initial settings, which include providing a sample file, defining the number of chains and choosing between delta or temperature parameters.

    Parsing of the can take pretty long, especially if a lower-specced computer is used. During the operation the system resources are not spared as they are put under noticeable stress, both CPU power and RAM usage.

    Because of the XML format accepted by the application there is no attempt to determine the type of analysis researchers want to perform but offers the possibility to select it.

    According to documentation there is a drawback to this approach as construct models may not perform well under the Markov chain Monte Carlo (MCMC) inference framework.

    Also on the downside, data has to be inspected carefully because after parsing it BEAST does not come up with a straightforward answer. As such, in some cases some tinkering is necessary in order to make sure that the information has been processed correctly.

    BEAST is designed as a scientific tool and it does not address the average user. Working with it is not difficult but interpreting the results and making sure that the data has been processed correctly requires solid background in molecular sequence analysis.

  • Bayesian विकासवादी विश्लेषण नमूना के पेड़ या, सीधे शब्दों में कहें, जानवर, के लिए डिजाइन आवेदन है का विश्लेषण आणविक दृश्यों. एक और अधिक वैज्ञानिक विवरण के लिए अपने उद्देश्य के लिए किया जाएगा कि यह प्रदान करता है के लिए इसका मतलब है फिर से संगठित phylogenies और भी काम करता है के रूप में मंच के लिए विकासवादी परिकल्पना के परीक्षण के साथ कोई कंडीशनिंग पर एक पेड़ टोपोलॉजी है. यह जावा के आधार पर एक निर्भरता नहीं है कि स्वचालित रूप से डाउनलोड स्थापना प्रक्रिया के दौरान का कार्यक्रम है । अगर जावा मौजूद नहीं है सिस्टम पर उत्पाद शुरू नहीं करता है. जब शुरू, जानवर की आवश्यकता है कुछ प्रारंभिक सेटिंग्स शामिल हैं, जो उपलब्ध कराने के एक नमूना फ़ाइल को परिभाषित करने, संख्या के चेन और चुनने के बीच डेल्टा या तापमान के मापदंडों. पार्स करने के लिए ले जा सकते हैं बहुत लंबे समय है, खासकर अगर एक कम specced कंप्यूटर का इस्तेमाल किया जाता है. आपरेशन के दौरान, सिस्टम संसाधनों बख्शा नहीं कर रहे हैं के रूप में वे कर रहे हैं के तहत डाल दिया ध्यान देने योग्य तनाव, दोनों CPU शक्ति और राम के उपयोग. क्योंकि XML स्वरूप स्वीकार किए जाते हैं आवेदन के द्वारा कोई प्रयास किया जाता है के प्रकार का निर्धारण करने के विश्लेषण के शोधकर्ताओं का प्रदर्शन करना चाहते हैं, लेकिन संभावना प्रदान करता है का चयन करने के लिए । दस्तावेज के अनुसार, वहाँ एक दोष यह है के लिए इस दृष्टिकोण के रूप में मॉडल का निर्माण नहीं हो सकता अच्छी तरह से प्रदर्शन के तहत मार्कोव श्रृंखला मोंटे कार्लो (MCMC) निष्कर्ष ढांचे. यह भी नकारात्मक पक्ष पर, डेटा के लिए सावधानी से निरीक्षण किया है क्योंकि के बाद पार्स यह जानवर नहीं करता है के साथ आने के लिए एक सीधा जवाब है । इस तरह के रूप में, कुछ मामलों में कुछ फेरबदल करने के लिए आवश्यक है सुनिश्चित करें कि जानकारी सही ढंग से संसाधित किया गया है । जानवर बनाया गया है के रूप में एक वैज्ञानिक उपकरण है और यह पता नहीं औसत उपयोगकर्ता. इसके साथ काम करने के लिए मुश्किल नहीं है, लेकिन परिणामों की व्याख्या और यकीन है कि डेटा संसाधित किया गया है सही ढंग से की आवश्यकता है ठोस पृष्ठभूमि में आणविक अनुक्रम विश्लेषण.