• MonaLisa is an advanced Petri net-based application specialized in analyzing biochemical networks. You can check models for structural faults and identify biological modules, as well as visualize the computed results.

    The portable running mode ensures your Windows registry does not get bloated with extra entries. You may get rid of the utility by simply deleting the files that you have downloaded from the Internet.

    Copying it on USB flash drives or other devices is also possible. You can run the program by opening the executable file. This is a Java-based tool so you need to previously install the working environment on your computer.

    The application works with various analysis techniques which are related to network decomposition and knockout analysis, and offers support for the computation of elementary modes (T-invariants), P-invariants, maximal common transition sets (MCT-sets), T-clusters, minimal cut sets (MCS), degree distribution, and cluster coefficient distribution.

    The GUI can be described as practical. You can work with three main panes: ones is used for project management, other for visualizing the PN model, while the last one provides access to a set of configuration settings.

    The program offers you the possibility to import data from various systems biology and graph-theoretic formats, such as SBML, KGML, PNT, APNN, MetaTool, and PNML.

    MonaLisa allows you to save projects to a file so you can easily import data in the future for making adjustments, view a list with recently used projects, set up the approaches, define the settings, and export the results and/or PN model to one of the file formats used for importing data.

    The application lets you view the representation of the PN model of the carbon metabolism. The metabolites are displayed with the aid of circle while the reactions (transitions) are revealed using rectangles. Gray-filled circles indicate clone markers, and you may save the current representation to PNG or SVG file format, and alter the colors used for analysis, knockout analysis and background.

    When it comes to managing all modelling and visualization settings, you can alter the highlighting of elementary models and place invariants and maximal common transition sets. In addition, you may divide the elementary elements into several categories.

    In conclusion, MonaLisa comes with an advanced suite of features that can be used for visualization and analysis of functional modules in biochemical networks, and is suitable especially for professional users.

  • मोनालिसा एक उन्नत पेट्री net-आधारित अनुप्रयोग में विशेष जैव रासायनिक विश्लेषण नेटवर्क है । आप कर सकते हैं की जाँच मॉडल के लिए संरचनात्मक दोष की पहचान और जैविक मॉड्यूल, के रूप में अच्छी तरह के रूप में कल्पना की गणना का परिणाम है । पोर्टेबल मोड में चल रहा है यह सुनिश्चित करता है अपने Windows रजिस्ट्री नहीं मिल फूला हुआ के साथ अतिरिक्त प्रविष्टियाँ । हो सकता है आप में से छुटकारा पाने की उपयोगिता बस फ़ाइलों को हटाने है कि आप इंटरनेट से डाउनलोड किया है. नकल पर यह यूएसबी फ्लैश ड्राइव या अन्य उपकरणों के लिए भी संभव है । आप कर सकते हैं कार्यक्रम चलाने के लिए निष्पादन योग्य खोलने के द्वारा फाइल है. यह एक जावा-आधारित उपकरण है ताकि आप की जरूरत करने के लिए पहले से स्थापित के काम के माहौल पर अपने कंप्यूटर. आवेदन के साथ काम करता है विभिन्न विश्लेषण तकनीक से संबंधित हैं जो नेटवर्क अपघटन और नॉकआउट विश्लेषण, प्रदान करता है और समर्थन की गणना के लिए प्राथमिक मोड (टी-invariants), पी-invariants, अधिक से अधिक आम संक्रमण सेट (एमसीटी-सेट), टी-समूहों, कम से कम काट सेट (एमसीएस), डिग्री वितरण, और क्लस्टर गुणांक वितरण. जीयूआई वर्णित किया जा सकता है के रूप में व्यावहारिक है । आप कर सकते हैं के साथ काम तीन मुख्य शीशे: लोगों के लिए इस्तेमाल किया है परियोजना प्रबंधन, अन्य दृश्यमान करने के लिए PN मॉडल, जबकि पिछले एक के लिए पहुँच प्रदान करता है एक सेट के विन्यास सेटिंग्स है । कार्यक्रम प्रदान करता है, करने के लिए आप संभावना से डेटा आयात विभिन्न प्रणालियों जीव विज्ञान और ग्राफ के रिप्ले स्वरूपों, जैसे SBML, KGML, PNT, APNN, MetaTool, और PNML. मोनालिसा की अनुमति देता है आप को बचाने के लिए परियोजनाओं के लिए एक फ़ाइल है, तो आप कर सकते हैं आसानी से डेटा आयात में भविष्य के लिए समायोजन करने, एक सूची देखने के साथ हाल ही में इस्तेमाल किया परियोजनाओं, सेट अप के दृष्टिकोण को परिभाषित, सेटिंग्स, और परिणाम निर्यात और/या पी. एन मॉडल में से एक के लिए इस्तेमाल किया फ़ाइल स्वरूपों में डेटा आयात करने के लिए. आवेदन की सुविधा देता है आप को देखने का प्रतिनिधित्व PN मॉडल के कार्बन चयापचय. चयापचयों में प्रदर्शित कर रहे हैं की सहायता के साथ, चक्र, जबकि प्रतिक्रियाओं (संक्रमण) से पता चला रहे हैं का उपयोग आयतों में से एक । ग्रे भरा हलकों से संकेत मिलता क्लोन मार्करों, और आप को बचा सकता है मौजूदा प्रतिनिधित्व करने के लिए PNG या एसवीजी फ़ाइल स्वरूप, और बदलने के लिए रंग का इस्तेमाल किया विश्लेषण के लिए, पीटा विश्लेषण और पृष्ठभूमि है । जब यह आता है करने के लिए सभी प्रबंध मॉडलिंग और दृश्य सेटिंग्स, आप बदल सकते हैं पर प्रकाश डाला के प्राथमिक मॉडल और जगह invariants और अधिक से अधिक आम संक्रमण सेट. इसके अलावा, आप कर सकते हैं विभाजन के प्राथमिक तत्वों के कई श्रेणियों में विभाजित है. में निष्कर्ष है, मोनालिसा के साथ आता है एक उन्नत सुविधाओं का सूट है कि इस्तेमाल किया जा सकता है के लिए दृश्य और विश्लेषण के कार्यात्मक मॉड्यूल में जैव रासायनिक नेटवर्क है, और है उपयुक्त के लिए विशेष रूप से व्यावसायिक उपयोगकर्ताओं के लिए ।